เมื่อทำความสะอาดเครื่องพิมพ์เฟล็กโซ ประเภทของน้ำยาทำความสะอาดที่จะเลือกจะต้องพิจารณาสองประเด็น: ด้านหนึ่งคือควรตรงกับประเภทของหมึกที่ใช้อีกอย่างคือไม่สามารถทำให้แผ่นพิมพ์บวมหรือสึกกร่อนได้ก่อนพิมพ์ ควรทำความสะอาดเพลทพิมพ์ด้วยน้ำยาทำความสะอาดเพื่อให้แน่ใจว่าพื้นผิวของเพลทพิมพ์สะอาดปราศจากสิ่งสกปรกหลังจากปิดเครื่อง ควรทำความสะอาดเพลทพิมพ์ทันทีเพื่อป้องกันไม่ให้หมึกพิมพ์แห้งและแข็งตัวบนพื้นผิวของเพลทพิมพ์