ในการทำความสะอาด ควรใช้น้ำยาทำความสะอาดชนิดพิเศษและผ้านุ่มเช็ดเบาๆ ที่รูตาข่ายลูกกลิ้งอะนิล็อกซ์ เพื่อป้องกันไม่ให้วัตถุแข็งทำลายโครงสร้างอันบอบบาง การกำจัดฝุ่นบนพื้นผิวตัวเครื่อง รางนำ และช่องระบายความร้อนของมอเตอร์เซอร์โวก็เป็นสิ่งสำคัญเช่นกัน เพื่อให้การระบายความร้อนเป็นไปอย่างราบรื่นและการเคลื่อนที่ของเครื่องจักรมีเสถียรภาพ การบำรุงรักษาระบบหล่อลื่นต้องปฏิบัติตามข้อกำหนดของอุปกรณ์อย่างเคร่งครัด และควรเติมจาระบีตามที่กำหนดลงบนรางนำ ตลับลูกปืน และส่วนประกอบอื่นๆ อย่างสม่ำเสมอ เพื่อลดการสูญเสียแรงเสียดทานและรักษาความแม่นยำของเครื่องพิมพ์เฟล็กโซกราฟีในระยะยาว นอกจากนี้ การตรวจสอบการปิดผนึกท่อลมและการสะสมของฝุ่นในตู้ไฟฟ้าทุกวันสามารถป้องกันความเสียหายกะทันหันได้อย่างมีประสิทธิภาพ

เสถียรภาพของระบบเครื่องพิมพ์เฟล็กโซกราฟีขึ้นอยู่กับการบำรุงรักษาฮาร์ดแวร์และซอฟต์แวร์ควบคู่กัน แม้ว่าโครงสร้างเกียร์แบบไร้เฟืองจะช่วยลดความซับซ้อนเชิงกล แต่ก็ยังจำเป็นต้องตรวจสอบความตึงของมอเตอร์เซอร์โวและความตึงของสายพานซิงโครนัสเป็นประจำ เพื่อป้องกันความหลวมและความคลาดเคลื่อนของการพิมพ์ ในส่วนของระบบควบคุม จำเป็นต้องตรวจสอบพารามิเตอร์ของเซอร์โวไดรฟ์แบบเรียลไทม์และปรับเทียบระบบการพิมพ์ ความไวของเซ็นเซอร์วัดความตึงและอุปกรณ์ดูดสูญญากาศส่งผลโดยตรงต่อการส่งผ่านวัสดุ การทำความสะอาดและการทดสอบการทำงานทุกวันจึงเป็นสิ่งสำคัญ ในการใช้งานระยะยาว การจัดการวัสดุสิ้นเปลืองของเครื่องพิมพ์เฟล็กโซกราฟีก็มีความสำคัญไม่แพ้กัน เช่น การเปลี่ยนใบมีดขูดและหลอดหมึกที่เสื่อมสภาพตามกำหนดเวลา และการสำรองพารามิเตอร์ของอุปกรณ์อย่างสม่ำเสมอเพื่อจัดการกับความผิดปกติของข้อมูล การควบคุมอุณหภูมิและความชื้นในสภาพแวดล้อมของโรงงานสามารถลดการเสียรูปของวัสดุและการรบกวนจากไฟฟ้าสถิต และเพิ่มประสิทธิภาพการพิมพ์ให้ดียิ่งขึ้น เฉพาะผ่านกลยุทธ์การบำรุงรักษาทางวิทยาศาสตร์และเป็นระบบเท่านั้นที่เครื่องพิมพ์เฟล็กโซกราฟีจึงสามารถใช้ข้อได้เปรียบของความแม่นยำสูงและประสิทธิภาพสูงได้ ขณะเดียวกันก็พยายามอำนวยความสะดวกในการปรับปรุงโครงสร้างและความก้าวหน้าทางเทคโนโลยีภายในระบบนิเวศอุตสาหกรรมการพิมพ์และบรรจุภัณฑ์