หน่วยการพิมพ์ของเครื่องพิมพ์เฟล็กโซแบบซ้อนเรียงซ้อนกันขึ้นและลง จัดเรียงไว้ที่ด้านใดด้านหนึ่งหรือทั้งสองด้านของแผงผนังหลักของชิ้นส่วนที่พิมพ์ แต่ละกลุ่มสีพิมพ์ถูกขับเคลื่อนด้วยเฟืองที่ติดตั้งอยู่บนแผงผนังหลัก เมื่อทำการพิมพ์ วัสดุพิมพ์จะผ่านหน่วยสีพิมพ์แต่ละหน่วยตามลำดับ ทำให้การพิมพ์ทั้งหมดเสร็จสมบูรณ์ แต่ละกลุ่มสีพิมพ์ประกอบด้วยกระบอกพิมพ์ กระบอกเพลท และอุปกรณ์หมึก และโครงสร้างของกลุ่มสีพิมพ์แต่ละกลุ่มก็เหมือนกัน เครื่องพิมพ์เฟล็กโซกราฟีแบบเรียงซ้อนกันสามารถพิมพ์ได้ 1-8 สี แต่ส่วนใหญ่พิมพ์ได้ 6 สี หากติดตั้งอุปกรณ์กลับด้าน ก็สามารถพิมพ์ได้ทั้งสองด้านเช่นกัน