หน่วยการพิมพ์ของเครื่องพิมพ์เฟล็กโซแบบเรียงซ้อนเครื่องพิมพ์เฟล็กโซกราฟีแบบเรียงซ้อน จะติดตั้งอยู่ทั้งด้านบนและด้านล่างของแผงผนังหลัก หรือทั้งสองด้านของชิ้นส่วนที่พิมพ์ แต่ละกลุ่มสีพิมพ์จะถูกขับเคลื่อนด้วยเฟืองที่ติดตั้งอยู่บนแผงผนังหลัก เมื่อทำการพิมพ์ วัสดุพิมพ์จะผ่านแต่ละหน่วยสีพิมพ์ทีละหน่วย จนกระทั่งการพิมพ์เสร็จสมบูรณ์ แต่ละกลุ่มสีพิมพ์จะมีกระบอกกด กระบอกเพลท และอุปกรณ์จ่ายหมึก และโครงสร้างของแต่ละกลุ่มสีพิมพ์จะเหมือนกัน เครื่องพิมพ์เฟล็กโซกราฟีแบบเรียงซ้อนสามารถพิมพ์ได้ 1-8 สี แต่ส่วนใหญ่จะพิมพ์ 6 สี หากติดตั้งอุปกรณ์กลับด้าน ก็สามารถพิมพ์ได้ทั้งสองด้านด้วย